اولین مرحله برای ثبت سند ملکی نزد بنیاد مسکن، تکمیل فرم درخواست ثبت است. این فرم شامل اطلاعات مالک، مشخصات ملک و مشخصات نماینده احتمالی مالک می‌باشد. فرم‌ها معمولاً در دفاتر بنیاد مسکن در دسترس هستند.
برای ثبت سند، متقاضی باید مجموعه‌ای از اسناد و مدارک را ارائه دهد. این مدارک شامل سند قبلی ملک، کارت ملی، شناسنامه صاحبان ملک و مدارک مالیاتی می‌شود. در برخی موارد، نقشه مهندسی از محل ملک نیز مورد نیاز است.
ضروری است که متقاضی کلیه هزینه‌های دولتی و اداری مربوط به ثبت سند را پرداخت کند. این پرداخت‌ها شامل هزینه‌های ثبت، مالیات و عوارض محلی می‌شود. معمولاً جزئیات کامل این هزینه‌ها در وب‌سایت بنیاد مسکن قابل مشاهده است.
پس از ارائه مدارک و پرداخت هزینه‌ها، کارشناسان بنیاد مسکن از ملک بازدید و بازرسی می‌کنند تا صحّت اطلاعات ارائه شده توسط متقاضی را تأیید کنند. این فرآیند شامل ارزیابی موقعیت زمین و بررسی مستندات مالکیت قبلی است.
در مرحله نهایی، پس از تأیید صحت اطلاعات و تکمیل تمامی مراحل اداری، سند جدید توسط بنیاد مسکن صادر و به نام مالک جدید ثبت می‌شود. ثبت نهایی همراه با ارسال نسخه‌ای از سند به مالک و نگهداری نسخه‌ای در بایگانی بنیاد مسکن انجام می‌شود.