در اختلافات مربوط به ثبت املاک، مرجع صالح بسته به نوع اختلاف متفاوت است. به‌طور خلاصه:

۱) اختلافات ماهوی مالکیت و حقوق عینی نسبت به ملک
- مرجع: دادگاه عمومی حقوقی محل وقوع ملک
- مستند: ماده ۱۲ قانون آیین دادرسی مدنی (صلاحیت محلی در دعاوی غیرمنقول)، اصل ۱۵۹ قانون اساسی (رسیدگی به تظلمات در دادگستری)
- نمونه‌ها: دعوای اثبات یا نفی مالکیت، ابطال یا اصلاح سند رسمی مالکیت، بطلان معامله نسبت به ملک، افراز و تفکیک در صورت اختلاف ماهوی.

۲) اعتراض به عملیات مقدماتی ثبت و آگهی‌ها (قبل از صدور سند مالکیت)
- مرجع: هیأت نظارت اداره ثبت و در مواردی دادگاه
- مستند: مواد ۱۶ تا ۲۰ و ۷۳ قانون ثبت اسناد و املاک؛ مواد مربوط به اعتراضات در جریان تحدید حدود و آگهی‌ها ...