پاسخ کوتاه: بله، «اجاره ۹۹ ساله» با «حق انتفاع» و «عمری» از نظر ماهیت، منبع ایجاد حق، مدت، قابلیت انتقال، و آثار حقوقی تفاوت‌های اساسی دارد.

توضیح تفصیلی:

۱) ماهیت حقوقی هر نهاد
- اجاره (مواد ۴۶۶ به بعد قانون مدنی): قراردادی معوض است که منافع عین مستأجره برای مدت معین به مستأجر تملیک می‌شود، بدون انتقال مالکیت عین. مدت می‌تواند طولانی (مثل ۹۹ سال) باشد، مشروط به اینکه غرر و جهالت نباشد.
- حق انتفاع (مواد ۴۰ تا ۵۸ ق.م.): حقی عینی است برای استفاده از منافع مال متعلق به دیگری، بدون تملیک عین. ممکن است مجانی یا معوض ایجاد شود، اما ماهیت آن الزاماً اجاره نیست.
- عمری (ماده ۴۱ ق.م.): نوعی از حق انتفاع است که مدت آن به طول عمر منتفع یا مالک یا شخص ثالث بستگی دارد. عمری یک زیرمجموعه از حق انتفاع است.

۲) منبع ایجاد و قالب حقوقی
- اجاره ۹۹ ساله: مبتنی بر عقد اجاره است؛ قواعد اختصاصی اجاره بر آن حاکم است (مواد ۴۶۶ الی ۵۱۶).
- حق انتفاع/عمری: می‌تواند به‌وسیله عقد، وصیت یا حتی قانون ایجاد شود (ماده ۴۰). تابع قواعد حق انتفاع است، نه قواعد اجاره.

۳) مدت و انقضاء
- اجاره: مدت باید معین باشد (ماده ...